上周文献报告听到一个数据库rice atlas database,感觉不错,文献发在nature genetics,主要是通过大量生物芯片得到数据.会后查了一下,看看一些基因表达有没有收录在里面作为参考.
进入首页后,我就直奔search database,不过进去后发现一头雾水,不知道该输入什么,随便输了2个关键词和序列,都找不到.后来经过一个师弟提醒,尝试使用国际基因名,搜到了....后来发现还支持Oligo ID和gramene的基因名.
选上Show Graph就能比较直观的看到表达强弱对比了,对我来说足够了....虽然我看不懂底下表格那些值...应该是生物芯片里的强弱(PS,网站有bug,点击export无法正确另存为csv或excel).
虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.
参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental...
我也是做植物的，现阶段做的是拟南芥离子转运体相关的，以前做的水稻材料，以后有机会也弄点生物信息的玩玩
@chenxi
哦哦，DRL也能碰上读生物的不容易啊，呵呵。现在数据库基本都是拟南芥全，水稻才开始，有一些数据，研究中也主要以拟南芥为参考。恩，多交流～
drl的朋友，也做生物的，看表达的话Genevestigator比较好，拟南芥比较全，水稻也有一些数据，有机会大家一起切磋交流。
@chenxi
信息学还是必要的,至少是个工具...能够在实验前减少许多工作量,不过最终还是要实验来证实啊~