Rice Atlas Database -- 一个水稻表达图表数据库

生命 · 2009-05-13 · 985 人浏览

image上周文献报告听到一个数据库rice atlas database,感觉不错,文献发在nature genetics,主要是通过大量生物芯片得到数据.会后查了一下,看看一些基因表达有没有收录在里面作为参考.

进入首页后,我就直奔search database,不过进去后发现一头雾水,不知道该输入什么,随便输了2个关键词和序列,都找不到.后来经过一个师弟提醒,尝试使用国际基因名,搜到了....后来发现还支持Oligo ID和gramene的基因名.

选上Show Graph就能比较直观的看到表达强弱对比了,对我来说足够了....虽然我看不懂底下表格那些值...应该是生物芯片里的强弱(PS,网站有bug,点击export无法正确另存为csv或excel).

imageimage

虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.

参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental...
rice 在线工具 数据库 水稻 生物芯片

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  1. chenxi 2009-07-14

    我也是做植物的,现阶段做的是拟南芥离子转运体相关的,以前做的水稻材料,以后有机会也弄点生物信息的玩玩

  2. molezz 2009-07-13

    @chenxi
    哦哦,DRL也能碰上读生物的不容易啊,呵呵。现在数据库基本都是拟南芥全,水稻才开始,有一些数据,研究中也主要以拟南芥为参考。恩,多交流~

  3. chenxi 2009-07-13

    drl的朋友,也做生物的,看表达的话Genevestigator比较好,拟南芥比较全,水稻也有一些数据,有机会大家一起切磋交流。

  4. molezz (作者)  2009-07-14

    @chenxi
    信息学还是必要的,至少是个工具...能够在实验前减少许多工作量,不过最终还是要实验来证实啊~

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