Rice Atlas Database — 一个水稻表达图表数据库


image上周文献报告听到一个数据库rice atlas database,感觉不错,文献发在nature genetics,主要是通过大量生物芯片得到数据.会后查了一下,看看一些基因表达有没有收录在里面作为参考.

进入首页后,我就直奔search database,不过进去后发现一头雾水,不知道该输入什么,随便输了2个关键词和序列,都找不到.后来经过一个师弟提醒,尝试使用国际基因名,搜到了….后来发现还支持Oligo ID和gramene的基因名.

选上Show Graph就能比较直观的看到表达强弱对比了,对我来说足够了….虽然我看不懂底下表格那些值…应该是生物芯片里的强弱(PS,网站有bug,点击export无法正确另存为csv或excel).

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虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.

参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental…