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RICE MORPHOLOGY DETERMINANT Encodes the Type II Formin FH5 and Regulates Rice Morphogenesis.

Plant Cell. 2011 Feb 9;

Authors: Zhang Z, Zhang Y, Tan H, Wang Y, Li G, Liang W, Yuan Z, Hu J, Ren H, Zhang D

Multicellular organisms contain a large number of formins; however, their physiological roles in plants remain poorly understood. Here, we reveal that formin homology 5 (FH5), a type II formin mutated in rice morphology determinant (rmd), plays a crucial role in determining rice (Oryza sativa) morphology. FH5/RMD encodes a formin-like protein consisting of an N-terminal phosphatase tensin (PTEN)-like domain, an FH1 domain, and an FH2 domain. The rmd mutants display a bending growth pattern in seedlings, are stunted as adult plants, and have aberrant inflorescence (panicle) and seed shape. Cytological analysis showed that rmd mutants have severe cell elongation defects and abnormal microtubule and microfilament arrays. FH5/RMD is ubiquitously expressed in rice tissues, and its protein localization to the chloroplast surface is mediated by the PTEN domain. Biochemical assays demonstrated that recombinant FH5 protein can nucleate actin polymerization from monomeric G-actin or actin/profilin complexes, cap the barbed end of actin filaments, and bundle actin filaments in vitro. Moreover, FH5 can directly bind to and bundle microtubules through its FH2 domain in vitro. Our findings suggest that the rice formin protein FH5 plays a critical role in determining plant morphology by regulating actin dynamics and proper spatial organization of microtubules and microfilaments.

植物分子暑期班

植物分子暑期班过半,听了2天的报告,今天由于要提取RNA,所以没去.虽然我不喜欢听报告讲座,但是也不得不承认总是有收获的...

原先接触到一个外源添加实验,本来希望通过外源添加一些试剂去影响植物的表型,结果没有得到结果.这次讲座中正好听到一模一样的实验想法,也是外源试剂没有影响,不过并不代表这一试剂本身没有影响,而是可能由于各种各样的原因试剂没有到达所需部位,不过他们实验室使用了一个构建进行内源表达,得到了预期的结果,挺不错,也许打算去要过来自己也做下尝试...

DNA序列反向互补工具--php tool

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便...根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:
1.反向互补....
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功....substr_replace()无法应用在上面...暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:(有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)

成本

以前一直以为随着雇员的增多成本自然会下降,或是随着产品产量增多,也能降低成本.最近看到曼昆<经济学原理>中成本那章时才了解到以前的想法多么片面.

其实开始平均成本是会降低,但是到一个点时,平均成本则会迅速上升.对于2台机器,开始雇1个人,只能操作一台,比较浪费,雇2人时,则能充分利用,此时平均成本是下降的,但是当出现第三个人时,则必须协商,此时边际成本开始提高.人数的增多不单是工资等成本上升,我觉得更麻烦的是协调所产生的成本的升高,人越多,协调,人际所产生的边际成本更加难以控制,也许会突然增加很多,导致产量等急剧下降.而且我认为协调这点影响更大....人际关系有时真是难说.

另外在frankl的对机会成本的理解及留言中也对机会成本有了进一步的了解,不过说句老实话,例二不太好说,分为短期和长期.就像曼昆的例子那样,高中毕业选择NBA还是高校,这个机会成本可能在10年内和10年后差别很大.否则我们这些读硕士博士的都是在损失了巨大利益的情况下走向未知的未来....所以机会成本有时很难在人生中算的准,不过我还是尝试学会用这种思考方式去进行权衡取舍.

虽然不是学经济的,不过看经济方面的书收获也颇丰.提升机会成本的一种方法就是耐得住寂寞....