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PyMOL--一款强大的开源分子可视化系统

最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了,有点生疏,于是重新尝试看pdb文件的软件,以前用的protein exploreryasara感觉不太好用了...于是又发现了一个很不错的开源分子可视软件--PyMOL (下载).

比起yasara, PyMOL运行更迅速,跨平台(mac, win和linux都能用), 虽然yasara的渲染很不错,不过PyMOL也能导出为povray格式进行渲染.Protein explorer太老了,只能运行于firefox2.0以下和IE6, 我的电脑上都没有.

PyMOL打开界面分3块,viewer,console和GUI(如图), 一般来说大部分简单的观察通过viewer就行了, 操作不是很复杂. 举个列子,如果要用cartoon形式观察蛋白分子,打开pdb文件,比较乱,可以先hide everything, 然后选择show cartonn(其他依次类推,show surface,show ribbon等等), 然后进行上色, 即color, 比如 by ss -> helix sheet loop 就将分子按照螺旋, 折叠和loop进行染色, 方便观察比较. …more

DNA序列反向互补工具--php tool

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便...根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能: 1.反向互补.... 2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格) 3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能: 本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功....substr_replace()无法应用在上面...暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool 代码:(有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了) …more

小巧强大的firefox火狐代理插件--Multiproxy Switch

最近搬到了美国空间,速度很不错,无奈学校p2p挤占非标准端口严重,无法直接登录cpanel,只好用代理或ultravpn,试了几个代理插件,感觉Multiproxy Switch很不错,推荐之,支持ff3.5(由于我的是英文版ff,所以代理界面为英文,如果使用中文版ff,则界面也为中文).

相比foxyproxyxyzproxy, multiproxy switch的优势在于小巧和方便.xyzproxy虽然也很小巧,但是在添加代理这个界面不是很方便,对于新手可能不知道什么格式才是正确的,而multiproxy的添加界面则是firefox的标准界面,用http或是socks一目了然, 也可以自定义排除代理的网站. 不过xyzproxy有批量导入这一功能,multiproxy没有,但是对于我来说这一功能不太实用, 我没有使用代理猎手的习惯..... …more

imageJ使用教程之--样本长度测量

imagej-logo.gif最近实验室突然有个师姐问我imageJ的测量方法....以前虽然用来细胞计数,不过早忘了怎么用了,重新开始琢磨,经过师兄的协助,简单整理下imageJ测量图片中样本长度的方法.

1.去官网下载imageJ程序,安装后运行,打开所需图片,选择直线工具(主工具栏straight line),对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线,如下图.如果需要精确,可以按ctrl+增大图像.

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推荐3个网站空间监测监控服务站

site24x7.jpg其实现在很少人关心自己的blog是否在线或当机,空间是否挂掉了,一个原因就是玩微博的人多了....不过由于上次我要安家的长时间当机,所以我还是打算重新设置下网站监控服务,以便随时知道我的blog空间是否正常.

所谓website monitoring,网站监测监控服务,并不是google analytics那样的分析站,仅仅是定时监测你的网站是否能上,空间是否当机,并通过email或是短信等方式提醒管理者查看.其实空间是否当机主要还是看服务商的责任,我们个人来说仅仅是了解下或是提醒下...不罗嗦了,简单介绍下我看到的三个服务商,其中有免费,有半收费的.我主要是介绍免费功能. (推荐度site24x7>montastic>AreMySitesUp)

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