我的第一个脚本-centos5.4-nginx-php-mysql-自动安装

由于最近买了一个burst的vps, 于是开始看些linux下的东西, 挺有意思, 开始在网上进行一些centos的设置, 并且记录在我的wiki上, 最近开始接触到脚本, 发现很强大, 省得学习时重装系统后繁琐的重复设置, 于是自己尝试写了一点, 主要为了偷懒, 而且写得十分粗燥, 不过总算在centos5.4和fedora12中测试通过.
如果安装成功, 能在最后看到各种服务的启动[OK]或是successfully, 由于不是编译安装, 所以基本不是最新版, 但应该是稳定版, 而且由于是默认安装, 以后升级也方便, 出了问题也容易google排查, 因为都是默认安装路径, 不会出现找不到文件的情况. 当然也可以选择LNMP之类的一键包, 只要有人维护, 这类包升级也方便.
OK, 安装很简单, 尽量在新装的系统中应用, 如果原先装过mysql, 则可能造成root密码为原先的密码.
1. 首先下载脚本centos.sh

DNA序列反向互补工具--php tool

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便...根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:
1.反向互补....
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功....substr_replace()无法应用在上面...暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:(有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)