DNA序列反向互补工具--php tool

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便...根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:
1.反向互补....
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功....substr_replace()无法应用在上面...暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:(有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)

Rice Atlas Database -- 一个水稻表达图表数据库

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虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.

参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental...

一个启动子终止子预测工具集合站

上次介绍了一款启动子预测工具,今天偶尔看到一个网站收录了好几个这方面的在线工具,包括原核和真核的启动子及终止子分析.也包括上次介绍的NNPP

除了列出了工具的网址,还有简单介绍和相关的参考文献,方便对于工具的可信度和对比性进行进一步分析,不过仍然没有专门针对植物方面的.

PROMOTERS & TERMINATORS

Neural Network Promoter Prediction 
(Berkeley Drosophila Genome Project, U.S.A.)(Reference: M.G. Reese 2001. Comput. Chem. 26: 51-6).

Promoter 2.0 Prediction Server 
(S. Knudsen,Center for Biological Sequence Analysis, Technical University of Denmark)
 - predicts transcription start sites of vertebrate Pol II promoters in DNA sequences